位于南山区南头古城南门广场。馆址为建于1950年的新中国第一届宝安县人民政府办公楼。由市文化局在2002年11月8日批准成立。
    该馆属地志博物馆，主要收藏、展示和研究南山区的历史文化。现藏青铜、陶瓷、玉石等出土文物2000多件。基本陈列有《南头古城历史展》、《2001年度全国十大考古新发现——屋背岭商时期墓地发掘成果展》，全面展示深圳1600多年的城市发展史，充分阐明南头古城是深、港、澳地区的历史源头。
    南头古城博物馆与南头古城垣（省级文物保护单位）、信国公文氏祠、育婴堂等6处市级文物保护单位一并开放，将成为观众参观、游览、进行爱国主义教育的重要场所。